Su objetivo es destruir selectivamente las fibras del dolor (nociceptivas) conservando las fibras táctiles. Los candidatos serían sujetos con alto riesgo para anestesia general, esperanza de vida limitada (menos de 5 años), deseosos de evitar una cirugía mayor, tumor intracraneal irresecable o esclerosis múltiple. Además, puede repetirse el procedimiento si se producen recurrencias.

Podemos distinguir tres variantes percutáneas:

Termocoagulación con radiofrecuencia mediante calor: tal vez sea la más utilizada actualmente.

Rizotomía retrogaseriana con glicerol.

Microcompresión percutánea del ganglio trigeminal con un catéter-balón de Fogarty insertando percutáneamente. Se lleva a cabo bajo anestesia local y sedación, ya que es fundamental la colaboración del paciente. Se inserta una aguja a 2,5-3 cm de la comisura bucal. Palpando la mucosa bucal con un dedo dentro de la boca, para evitar penetrar dicha mucosa, se dirige la aguja, bajo control radiológico, hacia el agujero oval situado en la base del cráneo. Una vez que penetra dicho agujero, se retira el estilete, siendo habitual la salida de líquido cefalorraquídeo. En el caso de la primera variante, se introduce un electrodo por el interior de la aguja. Entonces el paciente es despertado de la sedación y se procede a la estimulación hasta conseguir reproducir la distribución del dolor en la cara. Finalmente, se seda de nuevo al paciente para realizar varias veces una coagulación parcial del ganglio trigeminal (Gasser) con temperatura a 65-75 ºC. En las otras dos variantes se introduce por la aguja ya colocada glicerol (0,1-0,5 ml) o bien un catéter-balón de Fogarty (4 F) que es inflado con 0,7-1 ml de contraste hidrosoluble durante 1 minuto.