Indica que la célula pierde un gen supresor tumoral situado en algún cromosoma. Anteriormente a la pérdida, existía heterocigosis, es decir el gen supresor se encontraba presente en un cromosoma pero no en su pareja. La implicación de está perdida es que existe más probabilidad de que aparezca un determinado tipo de cáncer, dependiendo del gen perdido o mutado.

Uno de las alteraciones, es la pérdida de heterocigosidad 1p/19q en el 80 % de los oligodendrogliomas [(Rasheed BK, Wiltshire RN, Bigner SH, Bigner DD: Molecular pathogenesis of malignant gliomas. Curr Opin Oncol 11:162–167, 1999)]